Posts by Luigi R.

1) Message boards : Number crunching : Munin stats for sidock (Message 712)
Posted 21 Mar 2021 by Luigi R.
Post:
It seems that we have returned to stable service?

Possible reasons:
1) Longer WUs = fewer connections to project server
2) All bunkers have been fully uploaded
2) FB Sprint is going to finish and some users are leaving
2) Message boards : News : Release CMDock v 0.1.1 (Message 575)
Posted 8 Feb 2021 by Luigi R.
Post:
[...]

After months of running server/client system on Covid.si we meet an excellent team from Petrozavodsk, Karelia, Russia, which helped us to set up Boinc server for the project, even more they offer us full support and now Natalia and her collaborators are part of COVID.SI core group.

Together we are stronger ;-)


Cool story. Cooperation is a good thing. :)
3) Message boards : Number crunching : WU download error (Message 384)
Posted 3 Jan 2021 by Luigi R.
Post:
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935273
935150
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914741
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914364
893690
893447
893261
893240
871868
823548
822553
822421
818556
813631
4) Message boards : Number crunching : All 8 tries of this WU failed (Message 372)
Posted 31 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
https://www.sidock.si/sidock/workunit.php?wuid=773909
5) Message boards : News : New application: CurieMarieDock (Message 335)
Posted 23 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
Any hints?

Exclude CurieDock and run RxDock only.
6) Questions and Answers : Web site : Italian translations (Message 303)
Posted 19 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
Thank You for the corrections. It was me who made the translation. My Italian is far from perfect, not to say that it is rather poor. I learned a lot from your suggestions, thank you for this also.
Black Perler

Hi Black Perler, a pleasure to be of help to you!
I'm a meticulous person, so don't worry too much. I would always find something to correct. :-D
7) Questions and Answers : Web site : Italian translations (Message 289)
Posted 18 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
Thank you! I will rewrite the text after your corrections.

Great, you're welcome!
8) Questions and Answers : Web site : Italian translations (Message 288)
Posted 18 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
COVID.SI è un progetto della scienza dei cittadini, per combattere contro il virus SARS-CoV-2 usando i calcoli distribuiti.
COVID.SI è un progetto di citizen science, per combattere contro il virus SARS-CoV-2 attraverso il calcolo distribuito.
_____

Sometimes we just use english terms. ;-D
9) Questions and Answers : Web site : Italian translations (Message 286)
Posted 18 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
I think there are many errors.

Nel nostro progetto, cerchiamo i ligandi: le piccole molecole che possono legare con bersagli proteine e cambiare processi importanti per il virus. Abbiamo designato il app, che potete installare facilmente nel vostri calcolatori e ci aiutare cercare il medicinale contro il nemico invisibile di oggi. Il ligando ideale, trovato sul attracco molecolare, dovrebbe essere complementare per forma e proprietà al sito di legame della biomolecola bersaglio. Tuttavia, la complementarità di piccole molecole è solo uno dei prerequisiti per l'uso di una molecola come farmaco.

La ricerca della molecola giusta risembra la ricerca dell'ago piccolo nel pagliaio grande. È più difficile perché la quantità degli strutturi molecolari. Tutti gli questi strutturi sono chiamati l'universo chimico; la dimensione dell'universo è stimato da 10 alla potenza di 80. Ci sono molte galassie nell'universo questo, e una di loro è una galassia con le molecole potenzialmente farmacologicamente attive. Il metodo di ricerca si chiama selezione virtuale. In generale, più grande è la studiata parte dell'universo chimico, più alta la probabilità di trovare il medicinale contro il coronavirus.

Potete aiutarci usando i vostri calcolatori. Usando il BOINC, scarica un sottoinsieme dei composti allo calcolatore, studiarli in contesto del bersaglio, e invia gli risultati allo server, dove vengono ulteriormente analizzati.
Nel nostro progetto stiamo cercando i ligandi: piccole molecole che possono legarsi con successo con bersagli proteici e modulare uno specifico processo che è cruciale per la biochimica dei virus. Insieme abbiamo sviluppato un software, che può essere facilmente installato sul vostro computer per aiutarci a trovare una cura contro il nemico invisibile di oggi. Il ligando ideale, basato sul docking molecolare, dovrebbe essere complementare per forma e proprietà al sito di legame della biomolecola bersaglio. Tuttavia, la complementarità di piccole molecole è solo uno dei prerequisiti per l'uso di una molecola come farmaco.

La ricerca della molecola giusta è come cercare un piccolo ago in un enorme pagliaio. È un problema la cui risoluzione è molto difficile a causa del numero di possibili strutture molecolari. La quantità di tutte le possibili strutture molecolari è anche chiamata universo chimico; la dimensione di questo spazio astratto può essere stimata da 10 elevato alla 80. Ci sono molte galassie in questo universo, e una di loro è una galassia con le molecole potenzialmente farmacologicamente attive. Il metodo di ricerca si chiama screening virtuale. In generale, più grande è la parte studiata dell'universo chimico, più alta è la probabilità di trovare una cura potenziale contro il coronavirus.

Potete aiutarci con i vostri calcolatori. Mediante BOINC scaricherai un sottoinsieme di composti sul computer, li studierai nel contesto del bersaglio studiato, e manderai i risultati al server, dove vengono raccolti per una successiva analisi.
_____

P.S. orange text = my free interpretation to fullfill a better translation.
10) Message boards : News : Transition to production project (Message 262)
Posted 17 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
I see a participation badge too! :-D

Very very good job!
I'm ready to crunch tons of WUs. ;)
11) Questions and Answers : Web site : Badges (Message 247)
Posted 11 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
Don't forget beta/test participation badge! ;-)
12) Message boards : Science : More info about the science of the project (Message 240)
Posted 8 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
Published in COVID.SI:

https://covid.si/interview-of-boinc-user/

Wow, great!
13) Message boards : Number crunching : Shortage of work (Message 233)
Posted 8 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
Still no work for RxDock today. Not good for old Linux kernels (=> glibc version < 2.27). :(
14) Message boards : News : New application: CurieMarieDock (Message 229)
Posted 7 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
That is my conclusion too, having completed over 100 total (about equal of each) on two different Ubuntu machines, one Intel and one Ryzen.

Now average processing rates are changed and CurieDock is the faster one...
15) Message boards : News : New application: CurieMarieDock (Message 223)
Posted 5 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
It looks like CurieDock is slower than RxDock on Linux.

Ryzen Threadripper 2990WX: 567
Ryzen 9 3900X: 4
Xeon(R) CPU E5-2683 v4: 562
EPYC 7502P: 135
etc...
16) Message boards : Number crunching : Linux machine is not downloading CurieDock tasks (Message 219)
Posted 5 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
I don't know if it is a real problem, anyway...

Server status
Application	Unsent	In progress
RxDock		4367	2886
CurieDock	11084	1932


My SiDock@home [test] preferences
Run only the selected applications	Test of RxDock on BOINC: no
					Test of CurieDock on BOINC: yes

If no work for selected applications is available, accept work from other applications? 	no


My Event Log
sab 5 dic 2020, 10:41:08 | sidocktest | Scheduler request completed: got 0 new tasks
sab 5 dic 2020, 10:41:08 | sidocktest | No tasks sent
sab 5 dic 2020, 10:41:08 | sidocktest | No tasks are available for Test of CurieDock on BOINC



If I set
If no work for selected applications is available, accept work from other applications? 	yes
then I get work from RxDock only.
17) Message boards : Number crunching : Shortage of work (Message 212)
Posted 4 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
A new batch of WUs just arrived - mostly rxDock for Linux! :-)
Happy crunching!!!
//Gunnar

Yeah, I noticed that! :D
I would like to say that my work queues are plenty of sidock tasks, but I can't cause of very low limit on tasks in progress. :(
18) Message boards : Number crunching : Shortage of work (Message 204)
Posted 4 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
Server status says there are tasks but my computer repeatedly says:
No tasks sent
Project requested delay of 7 seconds

What's wrong?
Available tasks are for CurieDock app that runs on Windows/Mac only.


I just received a bunch of CurieDock tasks for Windows.
Only Linux here.
19) Message boards : Number crunching : Shortage of work (Message 198)
Posted 3 Dec 2020 by Luigi R.
Post:
Project server does not generate enough tasks for RxDock app.

It occurred multiple times today.
gio 3 dic 2020, 21:39:22 | sidocktest | Scheduler request completed: got 0 new tasks




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